營利事業虛報不實薪資支出遭剔除後，若經核定之所得額為虧損時，仍會被處罰

依所得稅法第110條第3項規定，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，雖無應補繳稅額，仍須就短漏之所得額（漏報所得額12萬元以下者免罰），依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別按已申報及未申報規定之倍數處罰，惟裁處罰鍰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。

舉例說明，轄內甲公司遭人檢舉106年度虛報A君薪資24萬元，經國稅局調查後屬實，且經甲公司承認確有虛報A君薪資情事，國稅局遂剔除甲公司該筆薪資支出。

經國稅局核定後，甲公司該年度課稅所得額雖仍為虧損，且無應納稅額，惟依所得稅法第110條第3項規定，仍應就其短漏之所得額24萬元依當年度適用之營利事業所得稅稅率17%計算之金額40,800元，依規定處以2倍以下之罰鍰，經國稅局審酌其所涉違章情節後，處以0.4倍罰鍰16,320元（40,800×0.4）。