一、將登記地在國外而在國內核准銷售之共同基金，認屬國內基金，自行依所得稅法第4條之1規定申報證券交易所得免稅，未併計課徵營利事業所得稅。
二、漏未申報保險理賠、銀行利息等收入。
三、購買高價乘人小客車，實際成本超過250萬元限額部分所超提之折舊額，未依營利事業所得稅查核準則第95條第13款規定自行調減。
四、列報違反各種法規所科處罰鍰之費用或損失。
五、經國稅局核定短漏報之稅後純益，未計入漏報年度之未分配盈餘。
六、以擴大書審方式申報，未自行依法調整純益率至實際經營項目之業別標準純益率以上，且未依限繳納應納稅款。
使用牌照稅於4月1日開徵，繳納期限至5月3日，納稅義務人若遺失或未接獲繳款書，應向車籍所在地地方稅捐稽徵機關或其派駐監理機關服務櫃檯查詢或申請補發。
依使用牌照稅法第25條規定，交通工具所有人或使用人未於規定繳納期間內繳清稅款者，每逾2日按滯納數額加徵1%滯納金（最高加徵15％），逾30日仍未繳納者，移送強制執行。
納稅義務人可登入地方稅網路申報作業網站(https://net.tax.nat.gov.tw/)，利用自然人/工商/金融憑證、已註冊健保卡及密碼或臺灣行動身分識別TAIWAN FidO、或車牌號碼及身分證字號/統一編號，直接線上查對並繳納稅捐；或持繳款書至代收稅捐金融機構(郵局不代收)以現金或票據繳納，稅額在新臺幣3萬元以下者，可至統一、全家、萊爾富、來來（OK）等便利商店繳納；也可以透過自動櫃員機（ATM）、信用卡、晶片金融卡、活期（儲蓄）存款帳戶等方式進行繳稅。此外，還可使用行動裝置掃描繳款書上QR-Code行動條碼連結至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw/)辦理線上繳稅，或透過開辦行動支付工具繳稅服務業者之APP，選擇以綁定之信用卡或金融卡繳納稅款。
納稅義務人受疫情影響，無法於規定繳納期間內繳清稅捐者，依稅捐稽徵法第26條規定，申請延期或分期繳納稅捐。
依營利事業所得稅查核準則第83條第5款規定，營利事業為員工投保的團體保險，由營利事業負擔保險費，以營利事業或被保險員工及其家屬為受益人者，准予認定，每人每月保險費合計在新臺幣2,000元以內部分，免視為被保險員工之薪資所得；超過部分，視為對員工之補助費，應轉列各該被保險員工之薪資所得，並依所得稅法第89條規定列單申報。
營利事業為員工投保上述可定額免視為員工所得之團體保險適用範圍，包括團體人壽保險、團體健康保險、團體傷害保險及團體年金保險。營利事業為員工投保投資型保險所支付之保險費不得列報為費用。
營利事業為員工投保時，應檢視保險商品是否符合列報規定，並妥善保存由保險法之主管機關(金管會)所許可之保險公司開立之收據及保險單，其收據除應有保險費金額外，並應列有每一被保險員工保險費之明細表，以供國稅局查核認定，以免因憑證不齊全遭剔除補稅。
適用擴大書審的營利事業受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響，如符合擴大書審純益率標準得按80%計算規定，及自政府領取各項免稅補助款時，在辦理結算申報時如何計算應申報之純益率，說明及舉例如下：
一、109年度營業收入淨額較108年度減少達30%者，109年度擴大書審純益率標準得按80%計算，並請於申報書第1頁損益及稅額計算表右下方附註八□內打「√」。
二、如適用擴大書審純益率標準按80%計算，又符合開立電子發票獎勵措施，擴大書審純益率標準得降低1%之營利事業，在換算擴大書審純益率標準時，應先降低1%後，再按80%計算。
三、適用擴大書審的營利事業自政府領取免稅補助款，應於取得年度帳載免稅收入，再自行依法調減該免稅收入，以調減後之營業收入與非營業收入，計算調整後之純益率。
四、營利事業帳載結算事項，應依營利事業所得稅查核準則第2條第2項規定自行依法調整(例如調減免稅收入)，調整後之純益率如高於換算後擴大書審純益率標準，應依較高之純益率申報繳納稅款。
一、 免納所得稅
(一)個人、醫療(事)機構或各機關團體受疫情影響，而依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例、傳染病防治法第53條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償。
(二)直轄市、縣（市）政府依「嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法」發給個人防疫補償。
二、 薪資費用加倍減除
依「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」，執行業務者、私人辦理補習班、幼兒園與養護療養院所就其給付員工依規定申請防疫隔離假，請假期間之薪資，得適用薪資費用加倍減除之規定。
三、 費用率標準加成至112.5%
(一)「醫事人員」：因屬防疫前線，其收入適用之費用標準得逕自調增，按原費用率之112.5%計算〔例如：西醫師全民健康保險收入之費用標準由每點0.8元提高為0.9元，掛號費收入之費用標準由78%提高為88%〕。另藥師費用率由94%調高為96%。
(二)「非醫事人員」或其他所得業者：109年度收入較108年度減少達30%者（期間不滿一年者，按實際月份相當全年之比例換算全年度收入總額計算），適用之費用率，得按該費用率112.5%計算〔例如：私人辦理補習班收入之費用標準由50%提高為56%〕。
房屋稅徵收109年7月1日至110年6月30日之房屋稅額。房屋稅繳款書由地方政府之稅稽徵機關填發並郵寄予納稅義務人。如納稅義務人之繳款書遺失或尚未收到時，納稅義務人應儘速向房屋所在地之地方政府稅稽徵機關申請補發，納稅義務人得利用自然人/金融/工商憑證、已註冊健保卡及密碼，或臺灣行動身分識別TAIWAN FidO，登入地方稅網路申報作業網站(https://net.tax.nat.gov.tw)，線上查繳納房屋稅。
納稅義務人得持繳款書至代收稅款金融機構(郵局不代收)以現金或票據繳納，稅額在新臺幣3萬元以下者，可至統一、全家、萊爾富、來來(OK)等便利商店繳納；也可以透過自動櫃員機(ATM）、信用卡、晶片金融卡、活期(儲蓄)存款帳戶等方式進行繳納房屋稅。
另外，納稅義務人得使用行動裝置掃描繳款書上QR-Code連結至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)辦理線上繳稅，或透過開辦行動支付工具繳稅服務業者之APP，選擇以綁定之信用卡或金融卡繳納稅款。各項繳稅作業細節可參閱繳款書上之繳稅說明或至「財政部稅務入口網」（https://www.etax.nat.gov.tw）「線上服務」項下「電子申報繳稅服務」查閱。納稅義務人若已辦理與金融機構或郵政機構約定以存款帳戶轉帳繳稅之納稅義務人，請在帳戶內預留足額之存款，以備提兌。
納稅義務人受疫情影響，不能於規定繳納期間內繳清稅捐者，納稅義務人得依稅捐稽徵法第26條之規定，申請延期或分期繳納稅捐。
109年度所得稅結算申報繳稅案件，納稅義務人若受嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響致繳納困難情事，應於所得稅規定報繳期間(110年5月1日至110年5月31日)內，檢附證明文件連同申報資料向所轄稽徵機關申請延期或分期繳納稅捐。
財政部於去年發布解釋，納稅義務人在紓困特別條例施行期間，因受疫情影響無法於規定繳納期間繳清稅捐申請延期或分期繳納案件，不受應納稅額金額多寡限制，延期期限最長1年，分期最長得為3年(36期)。申請書表至財政部稅務入口網(https://www.etax.nat.gov.tw)下載，或採線上申辦方式申請。
網路報稅系統(手機報稅不適用)之繳(退)稅頁籤，標有提醒納稅義務人如需申請延期或分期繳納者，應選擇「現金/票據」或「非線上」繳稅方式，於申報資料上傳成功後，點選連結至稅務入口網申請延期或分期繳納。
一、為落實節能減碳，109年度營利事業所得稅結算申報書表，屬營利事業依特定規定始須填報者，例如：租稅減免、關係人交易明細表、跨國企業集團成員揭露資料或其他申報書表附冊等，未納入訂本式申報書，倘營利事業需要使用上開申報書表，可至國稅局局網站「主題專區/稅務專區/營利事業所得稅結算申報專區」下載表單，依式填寫後併同申報；使用網際網路申報者，營利事業所得稅電子結算申報系統（即網路申報軟體）仍提供各申報書表之建檔功能。二、配合嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（以下簡稱紓困特別條例）之規定，申報書修正內容如下：
（一）為慰勉及獎勵防疫工作人員，並對營運困難之事業與相關從業人員提供協助，紓困特別條例第9條之1規定，受疫情影響而依該條例、傳染病防治法第53條或其他法律規定，自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償（以下稱各項補助），免納所得稅。依財政部109年11月25日台財稅字第10904629980號令規定，營利事業或教育、文化、公益、慈善機關或團體取得上開各項補助，應列為取得年度之免稅收入，即於辦理所得稅結算申報時，自行依法調整減除該筆免稅收入，其必要成本及相關費用得核實認列。
（二）為提高機關(構)、事業單位、學校、法人、團體給付薪資誘因，並使其積極參與防疫，紓困特別條例第4條規定，給付員工請假期間之薪資，得就該薪資金額200%自申報當年度所得稅之所得額中減除。營利事業、機關或團體申請本項租稅措施，應於辦理所得稅結算申報時，依規定格式填寫營利事業申報書第A31頁、機關團體申報書第14頁，並檢附員工請防疫隔離假之假單或請假紀錄、薪資金額證明及各級衛生主管機關開立之居家隔離（檢疫）通知書、集中隔離（檢疫）證明或其他證明文件。
（三）營利事業受疫情影響，109年度營業收入淨額較前一年度減少達30%者，依財政部110年1月26日發布109年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點第15點規定，其適用擴大書面審核之純益率標準，得按80%計算，填寫申報書第1頁損益及稅額計算表請注意勾選「附註八」欄位。
三、自109年度起，營利事業所得稅一律按20%稅率課稅，為使營利事業、機關或團體正確計算應納稅額，申報書訂有稅率及速算公式供參考運用。
四、為協助企業強化研發能量，財政部於109年11月2日修正發布公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法部分條文，自109年度起，將全職研發人員參與研發專業知識之教育訓練費用，納入研發支出投資抵減適用範圍，鼓勵企業投入資源培訓研發人員，提升其研發技術或專業能力。公司申請適用租稅優惠，得注意申報書第A15-2頁之新增支出欄位、附註及填寫說明。
五、國際間移轉訂價發展趨勢及配合我國實務，財政部於109年12月28日修正發布營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則，增修無形資產及其他移轉訂價相關規範，自109年度結算申報案件適用。另外，為反映交易經濟實質、確保關係企業利潤符合常規並負擔合理稅負，依財政部108年11月15日台財稅字第10804629000號令規定，自109年度起，營利事業從事受控交易，符合要件並繳納相關稅捐（費），於會計年度結束前進行一次性移轉訂價調整者，應於申報書第B2頁揭露相關資訊，並檢附證明文件。
營利事業經查獲短漏報所得額，即使加計短漏之所得額後無應納稅額，應依所得稅法規定處罰。
依所得稅法第110條第3項規定，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，分別依同法條第1項（已依規定辦理結算、決算或清算申報）及第2項（未依規定自行辦理結算、決算或清算申報）規定之倍數，處以2倍以下或3倍以下罰鍰。但最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。
舉例說明，甲公司107年度營利事業所得稅結算申報，列報課稅所得額為虧損1,500萬元，嗣經查獲短漏報營業收入570萬元，因成本列報核定短漏報所得額570萬元，並國稅局重行核定全部課稅所得額為虧損930萬元，雖無應納稅額，惟依規定，應就其短漏報所得額570萬元，按107年度營利事業所得稅率20%計算之金額114萬元（570萬元×20%），處2倍以下之罰鍰，惟最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元，故處罰鍰金額為9萬元。
適用109年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點(以下簡稱擴大書審要點)申報之營利事業，因嚴重特殊傳染性肺炎之故，109年度營業收入淨額較108年度減少達30%者，其適用之純益率得按109年度擴大書審純益率標準之80%計算，若109年度或108年度營業期間不滿1年，應按實際營業月份相當全年之比例換算全年營業收入淨額計算，營業期間不滿1個月，以1個月計算。
舉例說明：甲公司於109年6月25日停業，109年度營業收入淨額為600萬元，換算全年營業收入淨額為1,200萬元（600萬元÷6個月12個月），較108年度核定全年營業收入淨額2,500萬元，減少達52%〔（2,500萬元－1,200萬元）÷2,500萬元〕，符合擴大書審要點第15點規定受疫情影響之適用條件。因此，甲公司於辦理109年度營利事業所得稅結算申報適用擴大書面審核時，其適用之行業別擴大書審純益率為6%，可按純益率4.8%（即6%80%）計算全年所得額。
符合前述適用擴大書審純益率標準80%計算之營利事業，於辦理109年度結算申報時，應於申報書第1頁損益及稅額計算表右下方附註八□內打「」。
一般營業稅申報繳納期限，依加值型及非加值型營業稅法第35條規定，為次期(每2月為1期)開始15日內，但是當營業人有合併、轉讓、解散或廢止營業時，依同法施行細則第33條第1項規定，應於事實發生之日起15日內填具當期營業稅申報書，連同統一發票明細表及有關退抵稅款文件，申報主管稽徵機關查核。其有應納營業稅款者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。
個人獨資經營的商號以申請變更負責人的方式，將商號轉讓他人經營，雖然商號的營業人統一編號未變更，但前後負責人已分屬不同之權利主體，在申請變更之當期，應各自負擔營業稅申報義務。
舉例說明，甲商號(原負責人A君)110年4月6日變更負責人為B君，則甲商號(A君)應於轉讓之日起15日內即110年4月20日前，申報110年3-4月期轉讓前之營業稅；至新負責人B君應依一般營業稅申報繳納期限，於110年5月15日(星期六，可順延至5月17日星期一)前，申報110年3-4月期轉讓後之營業稅。亦即變更當期之前後負責人，應各自依其申報期限依法申報及繳納營業稅，逾期將依規定加徵滯報金及滯納金
依統一發票使用辦法第21條規定，非當期之統一發票，不得開立使用。但經主管稽徵機關核准者，不在此限。另按財政部80年8月3日台財稅第800274079號函釋規定，營業人提前使用次期之統一發票，如經查明係由於當期之統一發票已用罄並無其他不法情事者，除通知該營業人嗣後應依統一發票使用辦法第21條規定，事先申請核准外，可免援引稅捐稽徵法第44條規定移罰。
舉例說明，甲營業人因110年3-4月期發票用罄，欲提前使用5-6月期統一發票，已事先向稽徵機關申請核准，倘於同年4月30日提前使用5-6月期收銀機統一發票開立交付買受人，共開立銷售額105,000元，因開立日期為同年4月30日，故屬於同年3-4月期銷售額，甲營業人須將此筆提前使用次期發票銷售額，於同年5月15日前申報同年3-4月期營業稅，而非申報於同年5-6月期銷售額；如甲營業人未申報於同年3-4月期，經稽徵機關於同年6月間查獲，則甲營業人漏未報繳銷售額100,000元、營業稅額5,000元，除補徵稅款外，應依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第3款規定按短漏報銷售額處罰。
營業人，如因當期發票用罄而須提前使用次期統一發票，應依規定事先向國稅局申請核准，始可提前使用次期統一發票，並將提前使用開立發票之銷售額併入開立當期報繳營業稅，以免罰鍰。
依財政部109年1月31日台財稅字第10904512340號令釋，個人以營利為目的，透過網路銷售貨物或勞務應申請稅籍登記，於「當月銷售額」達營業稅起徵點時〔銷售貨物新臺幣（下同）8萬元、銷售勞務4萬元〕，應即向國稅局申請稅籍登記。
個人透過網路銷售貨物或勞務，當月銷售額如果未達營業稅起徵點，得暫免向國稅局申請稅籍登記，一旦「當月銷售額」已達起徵點，應立即向國稅局申請稅籍登記並課徵營業稅，惟考量網路銷售業者之交易特性，須透過結算才能確定銷售額，所以給予營業人申請稅籍登記之緩衝期間，於當月銷售額達營業稅起徵點之「次月月底前」申請稅籍登記即可，若於次月月底前經查獲後始依限補辦稅籍登記者，國稅局會就已達營業稅起徵點當月1日至稅籍登記前之銷售額依法補徵營業稅，並處以罰鍰。
舉例說明：A君未申請稅籍登記於網路銷售貨物，109年1月至7月銷售額分別為4,800元、18,790元、29,000元、266,158元、425,082元、360,131元、1,053,390元，依財政部109年令釋規定，A君109年4月份銷售額已達起徵點，必須在109年5月底前申請稅籍登記，並按稅率5%計徵營業稅。惟A君逾限未申請稅籍登記，並經國稅局於109年9月15日查獲，國稅局除補徵營業稅額外，並依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第1款及稅捐稽徵法第44條規定，擇一從重裁處罰鍰。
A公司107年度營利事業所得稅結算申報時，其法律上主張為自日本的財產交易所得及營業利潤，已併入營利事業所得稅申報，其在日本繳納稅捐，為「依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅可扣抵之稅額」，應可准予列報。
我國與日本於104年11月26日簽署臺日租稅協定，自105年6月13日生效，該協定第28條規定，營利事業所得稅於106年1月1日以後之所得適用。又A公司於日本無固定營業場所，即無「常設機構」，其取自日本之財產交易所得及營業利潤，依臺日租稅協定，均僅由我國課徵所得稅，A公司應向日本申請適用臺日租稅協定，免予課稅。惟其未申請而溢繳之國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定不得申報扣抵我國營利事業所得稅。
107年2月7日修正公布所得稅法第42條，已刪除第2項有關教育、文化、公益、慈善機關或團體(以下簡稱機關團體)獲配國內股利或盈餘不計入所得額課稅之規定，機關團體於110年5月辦理109年度結算申報時，應將109年度獲配之股利或盈餘計入所得額，並依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅標準)規定徵、免所得稅。
例如甲財團法人109年度結算申報案件，申報銷售貨物或勞務以外之捐贈收入300萬元及股利所得700萬元、與創設目的有關活動之支出200萬元及本期結餘款800萬元，因當年度用於與創設目的有關活動之支出，未達基金之孳息及其他各項收入之60%〔(捐贈300萬元+股利700萬元)×60%=600萬元〕，亦未向主管機關申請保留結餘款使用計畫，不符免稅標準第2條第1項第8款規定，應就全部結餘款課稅，另依修正後所得稅法第42條規定，股利所得700萬元亦不得於課稅所得額中減除，甲財團法人109年度結算申報課稅所得額即為結餘款之全數800萬元，應納稅額為160萬元(800萬元×稅率20%)。
自107年1月1日起，機關團體獲配股利或盈餘已非屬免稅收入，應計入其所得額並依所得稅法及免稅標準規定徵、免所得稅。
個人若發現公司申報之薪資所得與實際領取所得金額不同時，得先向開立扣繳憑單之單位查證，如確有虛報薪資之情事，得檢具證明文件向國稅局提出檢舉。
向國稅局提出檢舉時，應提供營利事業名稱、營業地址、違章漏稅事實、涉案期間、發生地點、被虛報之金額及可供偵查之具體事證等。若所得人並未在該營利事業任職及領取所得，可檢具於被虛報期間有在校就學、出國或已於其他單位工作(如勞健保投保資料、薪資領取證明文件)等相關資料，以供國稅局查核。
扣繳單位開具各類所得扣(免)繳憑單時，應按實際給付數額扣取稅款及填報憑單，如有虛報所得情事，在未經檢舉或稽徵機關進行調查前，應向國稅局辦理扣繳憑單更正，並補報補繳所漏稅款及加計利息，得適用稅捐稽徵法第48條之1自動補報免罰規定。
公司負責人明知有應納稅捐，但隱匿及移轉公司財產，使公司陷入無資產可供繳稅捐之情事，並藉由變更負責人逃避稅捐債務時，國稅局積極蒐集相關隱匿移轉財產事證，通報法務部行政執行署聲請管收前負責人，以保全租稅債權。
行政執行署於執行過程中，如查得納稅義務人有：一、顯有履行義務之可能，故不履行。二、顯有逃匿之虞。三、就應供強制執行之財產有隱匿或處分之情事。四、已發見之義務人財產不足清償其所負義務，於審酌義務人整體收入、財產狀況及工作能力，認有履行義務之可能，別無其他執行方法，而拒絕報告其財產狀況或為虛偽之報告等，以上情形之一者，行政執行署得聲請法院管收義務人。
舉例說明，A公司因滯欠營業稅及罰鍰4千2百萬餘元，經國稅局於96年3月移送強制執行。國稅局調查發現A公司於收受國稅局調查函後，多次將其公司資金現金提領轉帳至負責人甲君帳戶，並處分其公司機器設備及車輛，金額達3千6百萬餘元，又於95年1月5日變更負責人為乙君，並於96年2月8日解散該公司，選任乙君為清算人，意圖免除稅捐義務，國稅局將A公司上述情事通報行政執行署，因甲君無法說明資金流向用途及提出具體事證，顯有隱匿或處分財產之情事，經行政執行署於109年7月24日成功向法院聲請管收甲君獲准，甲君遭管收後立即提出清償計畫，向行政執行署申請分期繳納稅捐。
個人出售屬房地合一課稅範圍之房屋、土地(以下簡稱房地產)，如為受贈取得者，依所得稅法第14條之4規定，其取得成本應依受贈時的房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後的價值計算。
A君於106年9月11日受贈取得房地產並辦妥登記，嗣於109年9月9日以成交價額5,000,000元出售，並按贈與人原購買價格列報成本3,990,000元，及移轉費用250,000元（成交價額5%），申報房地交易所得額760,000元，因持有期間超過2年未逾10年，按20%稅率計算自行繳納稅款15.2萬元；經國稅局重新核定其辦理房地產交易所得稅申報的可減除成本，應為贈與稅繳清證明書所載之房地產現值按政府發布消費者物價指數調整後的價值2,224,730元（房地產現值2,191,853元*物價指數101.5%），計算房地產交易所得額為2,525,270元，補徵所得稅35萬餘元。
依營利事業所得稅查核準則第99條第1款及第2款規定，投資損失應以實現者為限，並應檢附被投資事業之減資彌補虧損、合併、破產或清算證明文件。若被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定。
投資損失之認列時點，如係因被投資事業減資彌補虧損發生投資損失，應經主管機關核准者，以主管機關核准後股東會決議減資之基準日為準，無須經主管機關核准者，以股東會決議減資之基準日為準；因被投資公司經法院裁定重整並辦理減資者，以法院裁定之重整計畫所訂減資基準日為準；因被投資事業合併發生投資損失者，以合併基準日為準；因被投資事業破產發生投資損失者，以法院破產終結裁定日為準；因被投資事業清算發生投資損失者，以清算人依法辦理清算完結，結算表冊等經股東或股東會承認之日為準。
甲公司108年度營利事業所得稅結算申報列報投資損失1億4千餘萬元，經國稅局查核，係因甲公司100%投資美國之A公司因停業所發生之投資損失，雖已提示A公司已辦理停業證明文件，惟停業非屬得認列投資損失之範圍，經國稅局依法予以剔除並補徵所得稅。
承租人與出租人簽訂不動產租賃契約，契約雙方當事人以契約約定依淨額給付每月租金，亦即除每月給付租金外，尚需負擔出租人之扣繳稅款及全民健保補充保費，租金所得總額及扣繳稅額應如何計算之方式分述如下:
不動產租賃契約如約定由承租人代出租人負擔扣繳稅款及全民健保補充保險費，該款項為租賃財產權利之對價。因此，承租人代出租人支付的各項稅費，均應作為租賃之給付額計算扣繳稅額。
依全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法規定，承租人（即扣繳義務人）給付租金時，單次給付金額達20,000元，應按補充保險費率2.11 %扣取補充保險費。
執行業務者辦理執行業務所得申報時，得以人工申報或使用「執行業務暨其他所得者電子申報系統」辦理網路申報，同時應將所得人之執行業務收入、必要費用及所得額合併綜合所得稅辦理結算申報。
執行業務所得漏申報案例:
案例1：某診所負責人甲君將該診所107年度之收支相關資料以網路上傳，但其併未聯同個人綜合所得稅辦理結算申報，以致短漏報執行業務所得762,050元，短漏所得稅額59,842元，並以所得稅法處以漏稅罰。
案例2：乙與丙二人合夥設立診所執業，該診所負責人為丙，丙已將診所損益表併同其107年度綜合所得稅申報，但乙並未將其個人分配之盈餘併同個人綜合所得稅辦理結算申報，以致漏報乙個人執行業務所得275,563元，短漏所得稅額33,067元，並以所得稅法處以漏稅罰。
依所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業列報前10年核定虧損本年度扣除額應符合「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報」之法定要件者，始得認列。
依所得稅法第71條第1項本文及第76條第1項規定意旨，納稅義務人應於每年申報期限內，填具結算申報書，計算其應納之結算稅額，申報前自行繳納，故同法第39條第1項規定「如期申報」，應包括「如期繳納稅款並如期辦理結算申報」。
舉例來說，甲公司於106年5月31日辦理105年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額2億餘元，國稅局以甲公司遲至106年6月2日始繳納其105年度結算申報之應納稅額1萬4千元，不符合所得稅法第39條第1項但書「如期申報」規定之要件，國稅局否准認列。甲公司不服，申經復查、訴願未獲變更，提起行政訴訟，後為臺北高等行政法院判決甲公司敗訴。
透過網路銷售商品之營業人，如當月銷售額已達營業稅起徵點（銷售貨物者為8萬元，銷售勞務者為4萬元），除應依規定向財政部國稅局辦理稅籍登記外，購進貨物時應取得及保存進項憑證。
營業人利用各大銷售平台、社群網路或通訊軟體販售貨物或勞務，其每月銷售額已達使用統一發票標準（新臺幣20萬元），而一時疏失漏未辦理稅籍登記，如經國稅局查獲未依規定取得進項憑證或未給予他人憑證並逃漏稅者，則應分別依加值型及非加值型營業稅法規定予以補稅處罰。
國稅局查獲某自然人109年間透過電商平台、臉書Facebook、Line等管道銷售貨物，卻未辦理稅籍登記，進貨也未依規定取得進項憑證，逃漏營業稅之銷售額1,000萬元，而未取得進項憑證的金額有770萬元，經國稅局查獲分別依加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第1款及稅捐稽徵法第44條規定予以裁處，核定補徵營業稅之稅額及處罰鍰合計為新台幣138萬5千元。
符合所得稅法第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體（以下簡稱機關或團體）及其作業組織，依所得稅法第71條之1第3項規定，應辦理結算申報；並依教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(以下簡稱免稅適用標準)暨相關法令規定徵免所得稅。
一、依法立案登記之寺廟、宗教社會團體及宗教財團法人，因收取租金收入，於辦理結算申報時，僅申報銷售貨物或勞務之收入及相關支出，漏未申報銷售貨物或勞務以外之收入(例如：利息收入、捐款收入)，經加計漏報收入後，不符合財政部83年6月1日台財稅第831595361號函所規定之「短漏報情節輕微」規定，而無前揭免稅適用標準第2條第1項第9款有關完備之會計紀錄規定之適用，應就當年度全部結餘款依法課徵所得稅。
二、機關或團體獲配國內營利事業之股利淨額，不論現金股利或股票股利，均應計入銷售貨物或勞務以外之收入。常見機關或團體漏未將股票股利列為當年度之收入計入分母，致未能正確計算當年度之支出比例。
三、機關或團體以往年度之結餘款，因超過50萬元依免稅適用標準第2條第1項第8款規定，已報經主管機關查明同意留供以後年度使用，則其於以後各年度使用之金額，不得列為以後各年度之支出。例如：107年度結餘款60萬元，已報經核准留供108年度使用，則108年度實際依保留計畫使用時，不得列為108年度之支出。
經常居住在中華民國境外之中華民國國民，及非中華民國國民，就其在中華民國境內之財產為贈與者，應依遺產及贈與稅法第3條第2項規定，課徵贈與稅。
王小姐是已取得居留證的外國人，想將其在臺南市的一筆土地贈與兒子，該筆土地公告現值為250萬元，王小姐應辦理贈與稅申報並需繳納贈與稅3萬元【(公告現值250萬元-每人每年免稅額220萬元)*稅率10%】。
經常居住在中華民國境外之中華民國國民，及非中華民國國民，以在中華民國境內的財產為贈與者，應於贈與行為發生後30日內，向財政部臺北國稅局辦理贈與稅申報
營利事業所得稅電子結（決）算申報系統，已將建檔、審核、申報書表列印功能及媒體申報檔審核作業（包括投資人明細媒申審核、股東股份轉讓媒申審核、設備或技術投抵媒申審核、公司員工取得獎酬員工股份基礎給付選擇延緩繳稅或緩課媒申審核、以技術或享有所有權之智慧財產權作價入股選擇延緩繳稅或緩課媒申審核）整合為單一系統。
獨資、合夥組織以外營利事業之「營利事業投資人明細及 分配盈餘表」及「公司股東(獨資資本主、合夥人)股份(股票、出資額)轉讓通報表」具有單頁網路申報功能。
營利事業應於會計年度終了後一年內送交國別報告及集團主檔報告，且全年度可透過網際網路傳輸，欲進行網路送交之營利事業，應先以工商憑證申請國別報告及集團主檔報告之帳號(帳號共同使用)，再以該帳號進行登入線上送交系統完成送交。
必要申報頁次為基本資料及申報書第1、2（獨資、合夥組織或適用產業創新條例第23條之1規定之營利事業除外）、3、4、8及9（外國分公司、外國辦事處及公寓大廈管理委員會除外）頁。公司組織、合作社、醫療社團法人及有限合夥組織，除新開業或適用產業創新條例第23條之1規定者之外，應有第10及11頁。
採附件上傳方式遞送附件資料者，於附件資料第1次上傳時，應有網路申報上傳成功後配賦收件編號並加蓋營利事業及負責人、代表人或管理人章之申報書附件資料封面。
若為會計師簽證案件，應有經會計師簽章之該申報書附件資料封面及申報成功書表暨會計師簽證報告書，方得進行附件上傳。附件上傳前應審視上傳檔案內容是否與附件類別相符及有無漏頁缺頁情形，以免影響營利事業權益，如為會計師簽證報告書檔案未上傳，將視同普通申報案件處理。
納稅義務人得於營利事業所得稅電子結（決）算申報系統或至財政部稅務入口網（網址：www.etax.nat.gov.tw），列印附條碼之繳款書，至各代收稅款金融機構以現金或票據繳納稅款，其應自行繳納稅額在新臺幣3萬元以下者，得至便利商店繳納稅款，並檢送（附）已繳納稅款之繳款書證明聯。亦得使用晶片金融卡、自動櫃員機繳稅或以營利事業於金融機構或郵政機構開立之活期存款帳戶，透過工商憑證IC卡作身分認證完成網路轉帳繳稅。
教育、文化、公益、慈善機關或團體暨其附屬作業組織申報案件亦已納入網路申報作業範圍。營利事業、機關團體、會計師事務所、記帳士事務所上網申請法人報稅密碼，以使用網際網路自行或代理辦理109年度營利事業所得稅結算及108年度未分配盈餘申報。
增訂非都市土地供公共設施使用，被徵收前之移轉，免徵土地增值稅；並配合政府功能業務與組織調整，定明地價稅之開徵期間、課稅所屬期間及納稅義務基準日。
大法官釋字第779號解釋:土地稅法第39條第2項規定，僅就依都市計畫法指定之公共設施保留地，尚未被徵收前之移轉，免徵土地增值稅；至非都市土地經編定為交通用地，且依法核定為公共設施用地者，尚未被徵收前之移轉，不予免徵土地增值稅，與憲法第7條保障平等權意旨不符，應於2年內檢討修法。財政部依上述解釋意旨，研議修正土地稅法條文，並配合實務作業檢討修正土地稅法之規定。
為符合憲法保障平等權意旨，財政部本次修正土地稅法第39條，增訂非都市土地被徵收前之移轉，免徵土地增值稅之法定要件，包括供公共設施使用、依法完成使用地編定及經需用土地人證明等，與都市土地之租稅平等對待；並明定修正條文施行時尚未確定案件符合要件者，亦可適用上述免徵規定，以保障納稅義務人權益。此外，檢討土地稅法第40條等相關條文，定明地價稅之開徵期間、課稅所屬期間及納稅義務基準日，以符合實務需要。
主要修正內容如下：
一、按申報資料核定案件之核定通知書得採公告送達，免個別填具及送達核定稅額通知書，以節省徵納雙方成本。(修正條文第19條)
二、滯納金加徵方式由「每逾2日」，修正為「每逾3日」按滯納數額加徵1%，總加徵率由15%降為10%，以確保稅收兼顧納稅義務人權益。(修正條文第20條)
三、增訂核課期間時效不完成事由。(修正條文第21條)
四、對於妨害稅捐執行之欠稅案件，其聲請假扣押時點由「欠繳應納稅捐」修正為「法定繳納期間屆滿(自繳案件)或繳納通知文書送達後(補徵案件)」；增訂準用民法第242條至第245條及信託法第6條至第7條代位權及撤銷權相關規定，以確保稅捐債權。(修正條文第24條)
五、新增非屬天災、事變、不可抗力或經濟弱勢之納稅案件，得申請加計利息分期繳納之情形。(修正條文第26條之1)
六、錯誤溢繳稅款申請退稅期間，由「5年」或「無期限」修正一律為10年；針對明知無納稅義務，違反稅法或其他法律規定而為繳納之款項，例如為向銀行詐貸虛增營業額所繳納之相關稅款，不得請求返還。(修正條文第28條)
七、繳納復查決定應納稅額得暫緩移送執行之金額比例，由「半數」調降為「1/3」。(修正條文第39條)
八、修正以不正當方法逃漏稅捐之刑事罰金，由新臺幣(下同)「6萬元以下」提高為「500萬元以下」，並增訂個人逃漏稅額在1,000萬元以上，營利事業在5,000萬元以上者，加重處罰，以有效遏止逃漏，維護租稅公平。(修正條文第41條)
九、營利事業未依規定給與、取得或保存憑證之處罰，由按查明認定總額「處5%」修正為「處5%以下」，以符罪責相當。(修正條文第44條)
十、「滯報金」及「怠報金」比照「罰鍰」，不適用稅捐優先及關於行政救濟與分期繳納加計利息之規定。(修正條文第49條)
十一、新增檢舉獎金核發、標準及領取資格限制，以劃一檢舉逃漏稅核發檢舉獎金相關規定，避免爭議。(修正條文第49條之1)
「所得基本稅額條例第十二條高風險新創事業公司認定辦法」(以下簡稱本辦法)。110年1月27日修正公布所得基本稅額條例(以下簡稱本條例)第12條及第18條規定，自110年1月1日起，個人交易未在證券交易所上市或未在證券商營業處所買賣之公司所發行或私募之股票、新股權利證書、股款繳納憑證及表明其權利之證書(以下簡稱未上市櫃股票)，其交易所得應計入個人之基本所得額課稅。
此外，另外明定該等股票之發行或私募公司屬中央目的事業主管機關核定之國內高風險新創事業公司，且交易時該公司設立未滿5年者，交易所得免予計入，俾落實我國培植新創事業公司以帶動產業轉型政策，鼓勵個人投資國內高風險新創事業公司。
為利認定國內高風險新創事業公司，本條例第12條第6項規定授權訂定本辦法，明定國內高風險新創事業公司之適用範圍與資格條件、申請核定期間、程序、應檢附文件、核定機關及其他相關事項。依本辦法規定，高風險新創事業公司認定方式主要分成二類：
一、向中央目的事業主管機關申請核定為高風險新創事業公司
股份有限公司應於設立登記日起算5年內，向中央目的事業主管機關申請核定高風險新創事業公司，該公司應符合下列各項條件，其經同意核定者，該核定之有效期間為自核定函發文之日起算2年內(期滿後符合規定者，可再申請核定)，但不得逾設立登記日起算5年期間：
(一)其技術、創意或商業模式具創新性及發展性。
(二)可提供目標市場解決方案或創造需求。
(三)開發之產品、勞務或服務，具市場化之潛力。
二、符合下列二種情形，得免申請核定，直接視為高風險新創事業公司
(一)股份有限公司自設立登記日起算未滿5年，依財團法人中華民國證券櫃檯買賣中心(以下簡稱櫃買中心)創櫃板管理辦法規定經委任之創新創意審查委員審查同意或經櫃買中心認可推薦單位出具之公司具創新創意意見書或推薦函而登錄創櫃板者，自設立登記日起算5年內登錄創櫃板期間，視為符合高風險新創事業公司。
(二)股份有限公司自設立登記日起算未滿2年，並依產業創新條例第23條之2規定經中央目的事業主管機關核定為高風險新創事業公司者，自核定函發文日起，於該公司設立登記日起算2年期間，視為符合高風險新創事業公司。
高風險新創事業公司須經核定後或符合免申請核定規定者，個人交易其股票始得適用免計入基本所得額課稅。配合上開主管機關審查時程，提供緩衝機制，明定個人於110年6月30日以前交易該等股票，其高風險新創事業公司之核定或視為核定得放寬至110年6月30日。
納稅義務人應注意，若未上市櫃股票交易時，核定函之有效期間屆滿、公司經櫃買中心公告停止透過創櫃板籌資資格、終止登錄創櫃板、該公司持有中華民國境內之房屋、土地時價合計超過其實收資本額50%或其他不符合本條例或本辦法規定情形者，不適用免計入個人基本所得額課稅規定。
為便利營業人零稅率銷售額申報作業，開立電子發票營業人銷售與保稅區營業人(以下簡稱買方)供營運貨物或勞務，自2021年起，買方可以於財政部電子發票整合服務平台（以下簡稱整合服務平台）列印並簽署之明細表，代替逐筆簽署電子發票證明聯，交付賣方營業人作為申報適用零稅率退稅之證明文件。
為輔導營業人簡化申報作業，凡買方係使用政府機關簽發或經財政部核可之有效憑證，於整合服務平台、自有電子發票系統或加值服務中心完成簽署，並上傳電子發票資訊至整合服務平台者，賣方營業人於申報非經海關零稅率銷售額清單時，得免再檢附買方簽署之紙本統一發票扣抵聯或明細表等證明文件。
2021年起，上述兩項簡化作業已同時並行，營業人無須事先向財政部五區國稅局申請核准即可直接適用。買方營業人若未透過有效憑證完成發票簽署作業者，仍可於整合服務平台列印「電子發票明細表」簽署後，交付賣方營業人作為申報適用零稅率之證明文件。
使用電子發票有助於企業帳簿e化及節省紙張以降低成本，保稅區營業人及其供應商規劃導入B2B電子發票，得簡化營業稅申報作業，亦可節能減碳。
營利事業依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」（以下簡稱紓困條例）第3條第3項規定，給付員工集中(居家)檢疫或隔離、員工為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請之防疫隔離假，或員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示(例如中央流行疫情指揮中心指揮官宣布高級中等以下學校延後至110年2月22日開學)而得請假期間之薪資，按紓困條例第4條規定，得就該薪資金額之200%，自當年度營利事業所得稅結算、決算或清算申報之所得額中減除。
再者，依「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」第4條規定，營利事業給付員工請假期間之薪資金額，應減除政府補助款部分，並以稅捐稽徵機關核定數為準。如已適用其他法律規定之租稅優惠，不得重複申請適用，且按前開規定得減除之金額，以減除當年度依所得稅法規定計算之所得額至零為限。
依紓困條例第9條之1規定自政府領取之補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅。前述加倍減除金額及自政府領取補貼適用免稅規定金額，不列為所得基本稅額條例第7條第1項第10款規定應加計營利事業基本所得額之項目。
營利事業應於辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報申報書及租稅減免附冊，並檢附員工請假紀錄文件、各級衛生主管機關開立之受隔離檢疫證明文件、薪資金額證明及薪資計算明細表等相關文件併同申報附件資料送件。
依財政部78年2月16日台財稅第781139734號函釋規定，寄送無償貨樣免申報銷售額，但事後如收到國外寄達貨款者仍須於收款當期申報為零稅率銷售額。
A公司110年2月20日將免費貨物樣品以快遞方式出口至日本，後於110年3月10日收到日本廠商寄達2,000元價金。有關無償貨物樣品110年2月20日以快遞方式出口時，免申報營業稅，惟事後收到國外日本廠商寄達之小額價金2,000元，應於110年3月10日收到價金當期（110年3—4月）持快遞業者所出具載有寄件人名稱、統一編號、貨物名稱、數量、離岸價格及出口快遞貨物簡易申報單之託運單主、分號等資料之執據及原始外匯收入款憑證影本，做為申報營業稅適用零稅率之證明文件。
眼科診所銷售眼鏡、皮膚科診所銷售保養品及動物醫院銷售寵物用品、提供寵物美容服務等，應依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)辦理稅籍登記並課徵營業稅。
依營業稅法第1條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務者，應依法課徵營業稅。營業稅法第3條第2項但書及營業稅法施行細則第6條規定，執行業務者提供其專業性勞務非屬營業稅課稅範圍。
目前有部分眼科診所除作眼疾之治療，同時兼銷售眼鏡等 相關產品，因上述眼科診所銷售眼鏡之行為，不符合營業稅法第3條第2項但書規定「執行業務者提供其專業性勞務」之範圍。從而眼科診所應就銷售眼鏡部分，依規定辦理稅籍登記並課徵營業稅，經核定使用統一發票者，並應依規定開立統一發票。
其他，例如皮膚科診所兼營保養品銷售、牙醫診所兼營牙膏、牙刷銷售及動物醫院兼營寵物用品銷售、寵物美容、寵物旅社等業務，均應依營業稅法之規定就銷售貨物或勞務辦理稅籍登記，並課徵營業稅。
地方診所若有上開銷售貨物或勞務之情事時，應儘速向所在地國稅局之分局或稽徵所辦理稅籍登記並依法報繳營業稅，以免遭查獲補稅處罰，在未經檢舉及國稅局或財政部指定之調查人員進行調查前，及時向財政部各區國稅局所屬分局、稽徵所自動補報補繳所漏營業稅，得依稅捐稽徵法第48條之1規定，除加計利息外，得免予處罰。
營利事業經國稅局查核有漏稅或短漏開發票情形，其遭補徵之營業稅及相關罰鍰不得列為費用或損失。
依營利事業所得稅查核準則第90條第1款規定，個人綜合所得稅及依加值型及非加值型營業稅法第51條、第52條規定追繳或繳納之營業稅，不得列為本事業之費用或損失；又同條第6款規定，各種稅法所規定之滯納金、滯報金、怠報金等及各種法規所科處之罰鍰暨未依法扣繳而補繳之稅款不予認定。
營利事業於辦理營利事業所得稅結算申報時應注意所得稅法之規定，以免因不符合所得稅法相關規定遭剔除費用或損失並補徵所得稅。
納稅義務人列舉扣除其本人、配偶或申報受扶養親屬的醫藥及生育費，應為給付公立醫院、全民健康保險特約醫院及診所或者是經財政部認定會計紀錄完備正確的醫院為限，並應檢附前開醫療院所填具抬頭之單據正本以供核實認定。
前述單據已繳交服務機關申請補助者，應檢附經服務機關證明之該項收據影本，但受有保險給付的部分，不得扣除。如因病在國外就醫，得憑國外公立醫院、財團法人組織之醫院或公私立大學附設醫院出具之證明列舉扣除。
自101年7月6日起，納稅義務人(本人)、配偶或申報受扶養親屬如因身心失能無力自理生活而需長期照護者，其付與公立醫院、全民健康保險特約或其他合法醫院及診所之醫藥費，得依法申報列舉扣除。
109年度納稅義務人(個人)、配偶及申報受扶養親屬每人基本生活所需的費用金額為新臺幣18.2萬元，每一申報戶之納稅者基本生活所需費用總額，減除免稅額、標準（或列舉）扣除額、儲蓄投資、身心障礙、教育學費、幼兒學前、長期照顧特別扣除額等合計數之差額(即基本生活費差額)，得自綜合所得總額中減除。
依所得稅法第71條及財政部68年11月22日台財稅第38268號函規定，營利事業經核准暫停營業者，仍應於每年規定期間填具營利事業所得稅結算申報書向所轄國稅局辦理結算申報，並計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；獨資、合夥組織之營利事業亦應依前述規定辦理結算申報，惟無須計算及繳納其應納之結算稅額，故林小姐的公司雖於去年辦理暫停營業，仍應於今年5月辦理去（109）年度營利事業所得稅結算申報。
營利事業經核准暫停營業仍應辦理結算申報，常因已無營業，易疏忽營利事業所得稅結算申報相關規定，而未於次年度辦理，如未於規定期間內辦理結算申報，依所得稅法第108條規定，經稽徵機關核定有應納稅額，屬逾期申報者，將依應納稅額加徵10%滯報金（最高不得超過30,000元、最低不得少於1,500元），若經稽徵機關以滯報通知書通知限期補報，仍未依限辦理者，則依核定應納稅額加徵20%怠報金（最高不得超過90,000元、最低不得少於4,500元）。
為防杜短期炒作不動產，維護居住正義，遏止租稅規避，維護租稅公平，並穩定產業經濟及金融，「所得稅法部分條文」修正案(以下簡稱房地合一稅2.0)，今(9)日上午經立法院第10屆第3會期第7次會議三讀通過，俟總統公布後，將自今(110)年7月1日起施行。
房地合一稅2.0修正重點如下：
一、延長個人短期交易房地適用高稅率之持有期間，居住者個人交易持有2年以內房地，稅率45%；持有房地超過2年，未逾5年，稅率35%，以抑制個人短期炒作不動產。應於完成所有權移轉登記日之次日、房屋使用權交易日之次日、預售屋及其坐落基地交易日之次日、股份或出資額交易日之次日起30日內申報。
二、營利事業比照個人依持有期間按差別稅率課稅，營利事業交易持有2年以內房地，稅率45%；持有房地超過2年，未逾 5年，稅率35% ；持有房地超過5年，稅率20%(詳附表2)，以抑制營利事業短期炒作不動產，防杜個人藉由設立營利事業短期買賣房地，規避稅負。於年度營利事業所得稅結算申報時分開計算稅額，合併報繳。
三、修正土地漲價總數額減除規定，防杜利用土地增值稅稅率與房地合一所得稅稅率間差異，以自行申報高於公告土地現值之土地移轉現值方式規避所得稅負，明定得減除之土地漲價總數額，以交易當年度公告土地現值減除前次移轉現值所計算之土地漲價總數額為限，超過部分不得減除，但其屬超過部分土地漲價總數額計算繳納之土地增值稅得以費用列支。
四、納入交易預售屋及其坐落基地、符合一定條件之股份或出資額，視為房地交易，防杜藉由不同型態炒作房地產規避稅負。
五、推計費用率由5%調降為3%，並增訂上限金額為新臺幣30萬元，使稽徵機關對於個人未提示證明文件之費用推計基礎更符實情；倘實際支付費用超過該金額者，納稅義務人仍得自行提出相關證明文件，核實認定。營利事業未提示有關房地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定成本或費用，倘無查得資料，比照個人房地交易推計成本、費用規定辦理。
六、獨資、合夥組織營利事業交易房地之所得，由獨資資本主或合夥組織合夥人依個人規定申報及課徵所得稅，不計入獨資、合夥組織營利事業之所得額，以反映獨資、合夥組織營利事業之房地，其登記所有權人為個人，與具獨立法人格之營利事業得為所有權之登記主體有別。
七、下列各項不受修法影響：
(一)維持20%稅率者
1.個人及營利事業非自願因素交易持有期間在5年以下之房地。
2.個人及營利事業以自有土地與建商合建分回房地後，持有期間在5年內之交易。
3.建商興建房屋完成後第一次移轉之房地交易。
4.個人及營利事業提供土地、合法建築物、他項權利或資金參與都市更新及危老重建者，其取得房地後第一次移轉且持有期間在5年內之交易。
(二)個人及營利事業交易其持有超過5年之房地。
(三)自住房地持有並設籍滿6年之交易，維持稅率10%及免稅額度新臺幣400萬元。
因應經濟部自4/6起實施分區限水措施對營業人之影響，財政部五區國稅局主動按查定課徵營業人實際營業情事，核實調減查定銷售額及營業稅；並由地方政府之稅稽徵機關辦理房屋稅減免，以協助營業人減輕租稅負擔。
依營業稅特種稅額查定辦法第3條第1項規定：「主管稽徵機關查定前條營業人之銷售額，應每半年於1月及7月各查定1次。其有變更營業項目，擴大營業場所或營業狀況、商譽、季節性及其他必須調整銷售額之情形時，得隨時重行查定其銷售額。」。
稅捐稽徵機關輔導受災納稅義務人申報減免稅捐服務注意事項第6點前段規定：「遇有重大災害時，財政部五區國稅局應主動依營業稅特種稅額查定辦法第3條第1項後段及財政部79年5月12日台財稅第790628551號函規定，派員勘查並按實際停業日數覈實調減查定銷售額及營業稅額。」
為減輕營業人營業稅負擔，財政部五區國稅局已經主動瞭解查定課徵營業稅營業人之營業狀況，若營業人受上開旱災限水措施影響造成營業收入減少或無法營業情事，除由財政部五區國稅局主動依規定核實調減其查定銷售額及營業稅額外，營業人亦得申請。
營業人如受旱災影響，有停業或營業面積縮減情形，各地方政府之稅稽徵機關得依據房屋所有權人申請，就實際未作營業使用部分房屋，由營業用稅率3%改按非自用住宅非營業用稅率2%(金門縣及連江縣為1.5%)或自用住宅稅率課徵房屋稅，可降低其房屋稅負擔。
若土地受天然災情影響，依土地稅減免規則第12條規定，因山崩、地陷、流失、沙壓等環境限制及技術上無法使用之土地，地價稅全免。惟旱災限水尚無上開減免地價稅規定之適用。
納稅義務人因無力清償債務，致其108年6月間購買之房地產於110年1月間遭地方法院民事執行處強制執行拍賣，拍定人已在110年1月4日領取房地權利移轉證書，納稅義務人應申報房地合一所得稅，且其適用稅率為20%
依所得稅法第4條之4及第14條之5規定，自然人自105年1月1日起交易房屋及土地，該房地產如係在105年1月1日以後取得，或是在103年1月1日之次日以後取得且持有期間在2年以內者，其交易所得應課徵房地合一所得稅，而且不論交易為所得或損失，納稅義務人均應於所有權移轉登記日之次日起算30日內辦理申報，惟房地產如係因強制執行遭地方法院民事執行處拍賣，其申報期限係以拍定人領得房地權利移轉證書日起算。
自然人房地合一所得稅率會因房地持有期間長短而有不同稅率，如持有房地之期間在1年以內者稅率是45%；超過1年未逾2年者稅率為35%，如自然人因調職、非自願離職或其他非自願性因素交易持有期間在2年以下之房屋、土地者，得適用所得稅率20%。
納稅義務人於108年6月購入房地並於110年1月遭拍賣，該房地產係於105年1月1日以後取得，屬房地合一所得稅適用範圍，因此，納稅義務人應於110年2月3日前向所轄國稅局辦理房地合一所得稅申報，且其房地持有期間超過1年，未逾2年，依規定原應適用稅率35%，但納稅義務人因無力清償債務，致該房地遭地方法院民事執行處拍賣，依財政部106年11月17日台財稅10604686990號公告規定，自然人因無力清償債務（包括欠稅），其持有之房屋、土地依法遭地方法院民事執行處強制執行而移轉所有權者，屬非自願性因素交易，得適用稅率20%課稅。
自然人所有之房地產因欠債遭地方法院民事執行處強制執行拍賣，若屬房地合一稅制課稅範圍，不論有無所得，均應依規定向戶籍所在地國稅局辦理申報，如有應納稅額者，應一併繳納，以免受到不利益行政處分(罰鍰)。
營利事業與關係人相互間若從事受控制交易，於辦理所得稅結算申報時，應按營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則(以下簡稱「TP查核準則」)第21條規定，依規定格式揭露關係企業或關係人之資料、從屬或控制關係及持股比例結構圖，及其與該等關係企業或關係人相互間交易之資料，並依TP查核準則第22條第1項規定準側移轉訂價報告。
營利事業相互間若有TP查核準則第3條第8款第3目至第5目業務實質控制之情事時，例如其進貨或銷貨之價格或交易條件由另一營利事業控制且該交易金額達進貨或銷貨之總金額50%以上，依規定交易雙方當事人已具有從屬或控制關係，其相互間之交易即屬受控制交易，於辦理交易年度之所得稅結算申報時應備妥移轉訂價報告。
若營利事業相互間如因特殊市場或經濟因素所致而有上開情形，但交易雙方當事人確無實質控制或從屬關係者，為免增加其依從成本，得依TP查核準則第22條第2項規定，於辦理該年度營利事業所得稅結算申報前提示足資證明之文件送交所在地國稅局確認，其經確認者，得不適用備妥移轉訂價報告之規定。
例如，國內A公司於108年度向國內B公司購進化學物料，其進貨價格或交易條件係由B公司控制，且進貨總金額達A公司全年進貨總金額90%，上開交易若因特殊市場或經濟因素所致，交易雙方當事人確無實質控制或從屬關係，A公司得於辦理108年度營利事業所得稅結算申報前，檢具國內、外關係企業結構圖、交易契約、訂價依據、雙方股東名簿及董監事名單等佐證資料，送交所在地國稅局確認，其經確認者，A公司於辦理108年度營利事業所得稅結算申報時，得免準備移轉訂價報告。
此外，若營利事業之交易對象為公營事業、代理商或經銷商及公平交易法第5條規定之獨占事業等情事時，其相互間若有TP查核準則第3條第8款第3目至第5目之情形，但不存在其他實質控制或從屬關係者，依財政部97年11月7日台財稅字第09704555180號令規定，免適用TP查核準則第22條第1項準備移轉訂價報告之規定，也無須向所在地之國稅局申請確認。
適用擴大書審的營利事業受到嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響，2020年度營業收入淨額較2019年度減少達30%（營業期間不滿一年者，按其實際營業月份相當全年之比例換算全年營業收入淨額計算）者，其適用2020年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點(以下簡稱109年度擴大書審實施要點)之純益率標準，得免事前申請，得按該純益率標準80%計算；惟營利事業帳載結算純益率，若已高於擴大書審純益率標準80%者，仍應依帳載結算純益率申報納稅。
例如，A公司109年度營業收入淨額為1,500萬元，按109年度擴大書審實施要點，其經營行業別之擴大書審純益率標準為6%，因109年度營業收入淨額1,500萬元較108年度核定營業收入淨額2,500萬元，減少達40%〔（2,500萬元－1,500萬元）/2,500萬元〕，符合109年度擴大書審實施要點所訂受疫情影響的適用條件。
從而，A公司在辦理109年度營利事業所得稅結算申報時，得免事前申請即得按純益率4.8%（即6%*80%）計算A公司之全年所得額。若A公司109年度帳載結算純益率5.5%已經高於4.8%，A公司仍應依帳載結算純益率5.5%辦理109年度營利事業所得稅結算申報。
營利事業短漏報課稅所得額，應就短漏之所得額依當年度適用營利事業所得稅稅率計算之漏稅額，處以2倍（已申報案件）或3倍（未申報案件）以下之不利益行政處分(罰鍰)。
若營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，依所得稅法第110條第3項規定，仍應就短漏之所得額依適用稅率計算之金額，依規定倍數處予不利益行政處分(罰鍰)，但最高不得超過新台幣90,000元，最低不得少於新台幣4,500元。
例如，A公司108年度營利事業所得稅結算申報案，國稅局認定A公司虛報營業費用新台幣700萬元，經剔除該筆費用後，雖經國稅局核定A公司之全年所得額及課稅所得額仍為虧損並無應納稅額，惟依所得稅法第110條第3項規定，仍應就短漏之所得額700萬元依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額新台幣140萬元（新台幣700萬元×20%）處以2倍以下罰鍰，但依規定A公司之不利益行政處分(罰鍰)最高不得超過新台幣90,000元，故國稅局裁處不利益行政處分(罰鍰)金額為新台幣90,000元。
所得稅法第110條第3項規定係為維護營利事業誠實自動申報，從而營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，經國稅局加計查獲之短漏報所得後仍無應納所得稅額時，依所得稅法之規定仍應處予不利益行政處分(罰鍰)。
營利事業因受疫情影響致109年度營業收入淨額較前一年度減少達30%者，適用擴大書審之純益率，得按該行業別純益率標準之80%計算全年所得額。
因嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情擴散，許多營利事業受疫情衝擊，造成營業收入減少、成本費用增加，進而影響獲利。營利事業於辦理所得稅結算申報時，如採核實計算損益，得按實際收入、成本費用計算全年及課稅所得額，如實反映企業受疫情影響之獲利情形，所負擔的營所稅稅額因而減少。
但是營利事業適用擴大書面審核實施要點申報者，係按營業收入淨額及非營業收入合計數乘以適用之純益率計算全年所得額，並無法反映因疫情影響獲利率降低之情形，考量受疫情嚴重影響營利事業的營運狀況，財政部於110年1月26日訂定發布「109年度營利事業所得稅結算申報案件擴大書面審核實施要點」（以下簡稱109年度擴大書審要點），增訂前揭規定。
例如，甲公司109年度營業收入淨額為1,000萬元，按109年度擴大書審要點，其經營行業別之擴大書審純益率標準為6%，因109年度營業收入淨額1,000萬元較108年度核定營業收入淨額2,000萬元，減少達50%〔（1,000萬元－2,000萬元）/2,000萬元〕，符合109年度擴大書審要點所訂受疫情影響之適用條件，因此，甲公司於辦理109年度營利事業所得稅結算申報適用擴大書面審核時，可按純益率4.8%（即6%×80%）計算全年所得額。
營利事業若無實際交易，而開立不實統一發票供其他營業人申報扣抵其銷項稅額，係涉嫌幫助他人逃漏營業稅，其負責人已經違反稅捐稽徵法和商業會計法，應負擔刑事責任。
營利事業虛開統一發票所取得之收益，應計入其營利事業所得並申報課徵營利事業所得稅，倘無收益資料可供核實認定，財政部各區國稅局依財政部78年6月24日台財稅第781146897號函釋，按虛開統一發票金額之8%核定其所獲得之收益。
例如，甲公司之105年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入4千餘萬元，營業淨利12萬餘元，經國稅局查得其開立之統一發票均係無銷貨事實虛偽開立，核定營業收入淨額及營業淨利均為0元，並按其虛開統一發票金額8%核定其他收入320萬餘元。
甲公司不服，其法律上主張為並未獲取任何收益，惟甲公司未能提示帳簿憑證及證明文件供國稅局審酌，本案件經甲公司依法申請復查，提起訴願及行政訴訟後，經最高行政法院判決駁回確定，具有即判力。
最高行政法院判決指出，營利事業負責人從事虛開統一發票之違法情事，應負擔刑事責任，若非以獲利為目的，尚難認其願冒刑罰風險，單純出於無償幫助他人逃漏稅之意思，而大量虛開銷貨之統一發票予他人使用，衡諸經驗法則及論理法則觀之，應有收取相當代價之理。財政部各區國稅局進行調查或復查時，納稅義務人違反協力義務，從而財政部各區國稅局得依查得之資料，或依推計課稅方式，核定其所得額，以維持租稅公平。
營利事業為避免遭受高額損失，常以投保產物保來降低其風險，惟實際發生損失時，營利事業將受損項目列報費用或損失，卻未將保險公司理賠金列入其他收入，致漏報所得額遭財政部各區國稅局依所得稅之規定補徵所得稅並予處罰。
甲公司於107年度有取得保險公司給付之保險理賠金490,000元，甲公司說明係因廠房發生火災而遭受損失，保險公司給付之理賠金係所受損失之補償，其並未因火災而獲得利益，故未列報其他收入，惟查甲公司當年度已列報火災相關損失，其自保險公司取得之保險理賠金，依法應計入當年度收入，經國稅局核定短漏報所得額490,000元，除補徵所得稅外，並依所得稅法第110條裁處罰鍰。
若個人經由網路銷售貨物或勞務者，應依財政部109年1月31日台財稅字第10904512340號令規定，個人以營利為目的，透過網路銷售貨物或勞務，當月銷售額若未達營業稅起徵點〔銷售貨物新臺幣8萬元、銷售勞務4萬元〕，得暫免向財政部各區國稅局申請稅籍登記，惟若「當月銷售額」達起徵點時，應即申請稅籍登記課徵營業稅，以免受罰。
依前揭令釋，個人透過網路銷售貨物或勞務，於當月銷售額達營業稅起徵點之次月月底前始申請稅籍登記，或於次月月底前經查獲後始依限補辦稅籍登記者，國稅局就已達營業稅起徵點當月1日至稅籍登記前之銷售額依法補徵營業稅，免依加值型及非加值型營業稅法第45條及第51條第1項第1款規定處罰。
A君於109年3月1日開始於網路上銷售貨物，3月間銷售額6萬元，未達起徵點，暫免辦稅籍登記；4月1日至4月15日銷售額9萬元（已達營業稅起徵點），應即向國稅局申請辦理稅籍登記。如A君於5月31日前自行辦理稅籍登記或經查獲後依限辦理稅籍登記者，國稅局就4月1日至辦理稅籍登記前銷售額予以補稅，免予處罰；若A君逾109年5月31日始補辦稅籍登記或經國稅局查獲時，除符合稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補報繳加計利息免罰者外，國稅局依109年4月1日至辦理稅籍登記前銷售額予以補稅處罰。
網路銷售之賣家務必注意應辦稅籍登記之時點，並依規定申請稅籍登記；得自行選擇向戶籍地或居住地所屬財政部各區國稅局之分局、稽徵所申辦。
在房地合一所得稅制度之下，許可自然人出售及購買自住用之房地產，若符合自然人或其配偶、未成年子女設有戶籍並居住，且前述房地產無出租、供營業或執行業務使用時，得請自住用之房地產重購退稅。
「先售後購」或「先購後售」，若出售舊房地產與重購新房地產期間在2年內，得申請適用重購退稅或扣抵稅優惠，按重購價額占出售價額之比率計算應退還或扣抵之稅捐。
甲於105年6月1日以1,000萬元買入A房地產供自住，110年1月10日出售A房地產，出售價額1,600萬元，並於交易日之次日起算30日內自行申報繳納房地合一所得稅80萬元；後來王君於110年3月1日重購B房地產供自住，因出售A房地產與重購B房地產期間在2年以內，且都有設籍居住，如A、B房地產均無出租、供營業或執行業務使用。
王得於重購B房地泄移轉登記日之次日起算5年內，申請適用重購退稅優惠，惟依重購房地產之價金不同，其計算應退還之稅捐分別如下：
(一)若重購價額為1,800萬元，因重購價額1,800萬元／出售價額1,600萬元＝1.125＞1，則申請應退還之稅額為80萬元，亦即原繳納稅捐可全數退還。
(二)若重購價額為800萬元，因重購價額800萬元／出售價額1,600萬元＝0.5＜1，則申請應退還之稅捐為40萬元（已繳納稅額80萬元×0.5）。
但經核准後，新房地產在重購後5年內仍應供自住使用，不得改作其他用途（如出租、供營業或執行業務使用）或再行移轉。若發生上述情事，財政部國稅局應追繳原退還或扣抵之稅捐。
繼承人若想以被繼承人所遺價金繳納遺產稅，若無法取得全體繼承人同意，得準用遺產及贈與稅法第30條第7項「多數決」規定，向財政部五區國稅局提出申請。
遺產稅繳納以現金為原則，於繳納遺產稅時，遺產中之存款應優先於其他種類之遺產，惟遺產為全體繼承人公同共有，為兼顧納稅義務人權益並利遺產稅徵納。若未能取具全體繼承人同意以遺產存款抵繳遺產稅時，得由繼承人過半數及其應繼分合計過半數之同意，或繼承人之應繼分合計逾2/3之同意提出申請，不受民法第828條第3項公同共有物之處分及其他之權利行使，除法律另有規定外，應得全體公同共有人同意之限制。
被繼承人甲遺產稅應納稅額為新台幣300萬元，遺產中有新台幣存款500萬元，甲之繼承人為子女A、B、C合計共為3人，其中繼承人B、C(應繼分合計2/3)申請以甲之遺產中存款繳納遺產稅，符合遺產及贈與稅法第30條第7項繼承人過半數及其應繼分合計過半數同意之情事，財政部五區國稅局於應納遺產稅之範圍內，得核發遺產稅同意移轉證明書，供繼承人向金融機構辦理遺產存款轉帳繳納遺產稅。
